Gedit не распознает в данной конфигурации эту кодировку, решение найдено здесь
запускаем gconf-editor в консоли
дальше:
/apps/gedit-2/preferences/encodings



Правой кнопкой мыши кликаем по ключу auto_detected, выбираем пункт Edit Key...
далее Add вбиваем Windows-1251 перемещаем вверх, что бы был 2-м пунктом, после UTF-8

Жмем ОК, закрываем, все работает.