Разрезать будем с помощью утилиты shntool.
У меня рабочая станция под Mint 10.
sudo apt-get install shntool
Далее все просто:
shntool split -o flac -f file.cue file.flac
или
shnsplit -o flac -f file.cue file.flac
Учтите, что decoder flac должен быть уже установлен в системе.
Файл разрежется, а выходные файлы будут в формате flac, ключик -o flac.
Подсмотрено
UPD (18.01.2012): Разрезка APE на основе .cue файла.
